Fakultet razvija sustav za osiguravanje kvalitete dugi niz godina, te se u cilju kontinuiranog unaprjeđenja poslovnih procesa još od 2005. koristi sustav ISO, kojega akreditiraju vanjski neovisni evaluatori do godine 2018.

Sukladno zahtjevima za osiguranje kvalitete ESG 2015, koje  Fakultet je akreditiran od godine 2018.g. tacijom ESG 2015 standarda, specifičnih za područje visokog obrazovanja.

Od godine 2018. Fakultet je predmet vanjskog vrednovanja sukladno koje provodi Agencija za znanost i visoko obrazovanje sukladno Standardima kvalitete u postupku reakreditacije visokih učilišta, utemeljeno na kriterijima propisanim europskim i međunarodnim standardima osiguravanja kvalitete u području visokog obrazovanja i znanstvene djelatnosti.

Vanjsko vrednovanje provela je i agencija The European Foundation for Management Development (EFMD) na programskoj razini 2019. godine, te 2022. godine. Fakultet je ostvario akreditaciju za Prijediplomski sveučilišni studij Poslovna ekonomija na tri godine i Diplomski sveučilišni studij Poslovna ekonomija na pet godina, kao jedini ekonomski studij u Republici Hrvatskoj koji EFMD akreditaciju ima za studijski program na hrvatskom jeziku. 

Sustavom kvalitete upravlja Fakultetsko vijeće, dok se pitanjima kvalitete izravno bave menadžer kvalitete, Odbor za unaprjeđenje kvalitete i Povjerenstvo za unutarnju prosudbu.