Fakultet razvija sustav za osiguravanje kvalitete dugi niz godina, te se u cilju kontinuiranog unaprjeđenja poslovnih procesa još od 2005. koristi sustav ISO, kojega akreditiraju vanjski neovisni evaluatori do godine 2018.

Od godine 2018. Fakultet je predmet vanjskog vrednovanja koje provodi Agencija za znanost i visoko obrazovanje sukladno Standardima kvalitete u postupku reakreditacije visokih učilišta, utemeljeno na kriterijima propisanim europskim i međunarodnim standardima osiguravanja kvalitete u području visokog obrazovanja i znanstvene djelatnosti.

Vanjsko vrednovanje provela je i agencija The European Foundation for Management Development (EFMD) na programskoj razini 2019. godine, 2022. godine te 2025. godine. Fakultet je ostvario akreditaciju za Prijediplomski sveučilišni studij Poslovna ekonomija na tri godine i Diplomski sveučilišni studij Poslovna ekonomija na pet godina, kao jedini ekonomski studij u Republici Hrvatskoj koji ima EFMD akreditaciju za studijski program na hrvatskom jeziku. 

Sustavom kvalitete upravlja Fakultetsko vijeće, dok se pitanjima kvalitete izravno bave savjetnik u Odjelu za kvalitetu, prodekan za kvalitetu i cjeloživotno obrazovanje, Odbor za unaprjeđenje kvalitete i Povjerenstvo za unutarnju prosudbu sustava kvalitete.